Centre nuolat veikia mokinių savivaldos institucija – Mokinių taryba. Kaip ir kiekvienais metais spalio 1 d. centre įvyko mokinių tarybos rinkimai, kurių metu buvo išrinkti tarybos pirmininkas, pavaduotojas ir nariai. Kandidatai į mokinių tarybą prisistatė ir sakė, kokius darbus nuveiktų jai taptų mokinių tarybos nariais. Ne vienas pabrėžė, kad jam rūpi Centro veikla ir yra pasiruošę dėl jos stengtis, kad visiems čia būtų gera ir jauku, kad turi minčių ir idėjų, yra veiklūs ir nori, kad tos idėjos būtų realizuotos. Slapto balsavimo metu buvo išrinkti mokinių tarybos nariai, ir paskelbti balsavimo rezultatai.
Mokinių tarybos nariai kartu su kitomis mokyklos savivaldos institucijomis išmoksta derinti nuomones, priimti geriausius sprendimus. Darbas mokinių taryboje padeda mokiniams ugdytis socialinius gebėjimus, išmokti tinkamai spręsti kylančias problemas, įgyja komandinio darbo patirties, lyderystės įgūdžių. Visi šie įgūdžiai praverčia ateityje, kuriant ir realizuojant savo gyvenimo planus.